대한의사협회(회장 주수호)는 정부의 외래 본인부담금 정률제 시행과 관련 8월 1일부터 변경된 정률제에 참여하되, 잘못된 정책 시행으로 발생하는 국민 건강상의 폐해를 적극 홍보하여 공론화시켜 나가기로 했다. 의협은 행동지침서에서 "정률제 수용의 의미가 아니라 현실적으로 대다수 회원들이 동참할 수 있는 투쟁의 방법을 모색함으로써 단합을 유지하고 회원들의 피해를 최소화 한다는 뜻"이라고 분명히 했다. 의협은 또 여러 문제점에도 불구하고 변경제도가 철폐되지 않는다면 전면적으로 제도를 거부하고 시행 이전의 진료 형태로 돌아가기 위한 수단으로 전자차트를 사용하는 회원들의 청구프로그램 변경권한을 의협 집행부에 위임해 줄 것을 요청했다. 의협은 회원들에게 공인인증서 제도는 단호히 거부하도록 권고하고, 이를 위해 청구소프트웨어업체에 예전의 방식대로 환자조회가 가능하도록 공문을 통해 강력히 요청해 놓은 상태다. 이와 함께 "정률제 제도 시행으로 발생할 수 있는 환자 유치를 위한 본인부담금 할인 등은 의료계를 파탄에 이르게 하는 부도덕한 행위"로 규정하고 "비 의료인 소유 의료기관 등에 의해 부도덕한 행위가 자행될 경우 직접 제보해 줄 것"도 당부했다. 의협은 초재진료 산정 문제, 보호자 대리처방, 진료비 또는 약제비 환수 문제 등 정률제 실시 후 예상되는 여러 가지 문제점들에 대한 대책을 조속히 마련하겠다고 말했다. 한편, 의협은 변경된 의료급여제도에 대해서도 "의료급여환자 진료비중이 높은 의료기관은 관할 시·군·구 의사회에 신고 후, 변경된 의료급여제도와 관련한 사항을 적용해달라"는 대회원 지침을 전달했다. 이를 위해 의협은 산하 의원급 의료기관이 공인인증서 방식과 ARS 방식 중 자율적 선택에 의하여 사용할 수 있도록 청구프로그램 소프트웨어업체들에 정식으로 요청했다. 또, 수진자 자격조회도 종전과 같이 성명, 주민번호 입력으로 조회가 가능하도록 유지해 줄 것도 요구했다고 밝혔다.