PPA관련 연구기간 중 해당 제약사들이 생산량을 증대시켜 수백억원대 판매이익을 챙긴 점과 2004년 1월부터 미리 생산을 중단한 약품도 17개에 달한다며 식약청의 유착관계 의혹이 제기됐다. 한나라당 정화원 의원(보건복지위)는 5일 식약청 국정감사 질의를 통해 PPA 관련 제약회사의 연구비 투자내역과 연구기간 동안의 제약사 생산현황 등을 조사한 결과 이번 건은 "제약회사의 복마전에 식약청이 놀아난 사건"이라고 주장했다. 또 제약회사와 식약청의 유착 의혹은 더욱 짙어지는데 연구가 진행되던 4년동안 국민의 안전은 어느 누구도 생각지 않았다며 진실규명 차원에서 반드시 재조사를 실시할 것을 촉구했다. 정 의원은 식약청의 생산중단 조치가 지난 7월 31일 발표됐지만 유한양행 콘택600을 포함한 17개 제품은 2004년 들어서면서 아무런 이유없이 갑자기 생산을 완전히 중단시킨 것에 대해서도 의문을 제기했다. 정 의원은 "한 해 수백억원의 매출을 올리는 품목을 갑자기 생산 중단하는 것은 기업정서상 정확한 정보가 없이는 불가능할 것"이라며 "식약청 내부나 제약협회의 연구가 특정 제약회사들에게 2003년도부터 흘러들어갔음을 알 수 있다"고 피력했다. 이와 함께 정 의원에 따르면 감기약의 유해성 여부를 가리기 위해 한국제약협회에서 지난 2002년 3월부터 2004년 5월까지 실시한 연구 용역은 총 43개 제약회사가 공동으로 8억2천만원을 투자했으며 이중 연구비 투자 상위 6개기업을 보면 유한양행이 50%에 해당하는 4억, 대웅제약과 영진약품이 각각 5천 5백만원, 현대약품 3천 5백만원, 상아약품과 코오롱제약이 각각 2천 5백만원을 부담했다. 또 2000년 11월 제약협회의 요구로 이루어진 부작용 조사 연구는 당시 PPA감기약 시장을 장악하고 있던 특정 몇몇 회사들의 주도로 이루어졌다고 말했다. 이에 유한양행, 대웅제약, 현대약품 등은 100미리그램의 기준에 가장 큰 혜택을 본 회사들이라며 '대웅제약(지미코): 90미리그렘, 유한양행(콘택600): 80미리그렘, 현대약품(시노카캅셀): 75미리그렘 등을 예로 들었다. 또 연구를 이유로 재판매가 허가된 이후 유한양행의 경우 2001년부터 2004년까지 총 1억9천8백만캅셀, 영진약품은 1억1백만5천정을 생산해 각각 수백억원의 판매이익을 취한 것으로 나타났다고 강조했다. 자료에 따르면 콘택600의 생산수익을 유추할 때 10캅셀당 1통으로 2,000원에 약국에 원가 납품(198,195,500÷10×2000= 약 396억)→도매상 납품가를 감안한다 하더라도 수백억원대의 판매를 한 것을 알 수 있다고 주장했다.