'의약품 품질관리' 투자 후 받은 세제혜택, 3년간 663억

• 기재부 "기업 조세쇼핑 막으려면 공제율 조정 필요"
• '생산성향상시설 투자 세액공제 심층평가' 보고서

[데일리팜=김진구 기자] 제약바이오기업이 정부로부터 받을 수 있는 세제혜택 중 대표적인 것이 '의약품 품질관리 개선시설 투자에 대한 세액공제'다. 지난해만 이 제도를 통해 663억원에 이르는 혜택을 국내 제약업계가 받은 것으로 확인됐다.

기획재정부는 최근 '생산성향상시설 투자 세액공제 심층평가' 보고서를 국회에 제출했다. 이 세액공제 제도가 올해로 일몰이 예정돼 있어, 연장할지 그대로 종료할지를 판단하기 위해서다.

보고서에 따르면 현재 운영 중인 투자관련 조세특례 항목 중에는 '의약품 품질관리 개선시설 투자에 대한 세액공제'가 포함돼 있다. 이 세제혜택의 공제율은 ▲중소기업 6% ▲중견기업 3% ▲대기업 1% 등이다.

이를 통해 최근 3년간 제약업계는 총 663억원에 이르는 세제혜택을 받았다. 2017년 219억원, 2018년 173억원, 올해 199억원 등이다(2018·2019년은 추정치).

2017년 기준 75곳이 의약품 품질관리와 관련한 세액공제를 받았다. 중소기업 26곳(38억1000억원), 중견기업·대기업 49곳(180억8200만원)이었다.

다만, 이같은 세제혜택 결과에 대해 기획재정부는 조세특례법 전반의 공제율 조정이 필요하다는 입장이다.

기업들이 '조세쇼핑'을 하고 있다는 판단에서다. 다양하게 운영되는 조세특례 제도마다 공제율이 달라, 기업이 전략적으로 특례항목을 선택하고 있다는 것이 기획재정부의 지적이다.

실제 투자관련 조세특례만 하더라도, 의약품 품질관리 개선시설 투자 외에도 ▲생산성향상시설 투자 ▲신성장기술 사업화를 위한 시설투자 등에 대해 30여개의 특례제도가 운영 중이다.

그러나 각 특례 제도의 공제율은 저마다 다르다. 예를 들어 의약품 품질관리 개선시설 투자의 경우, 중소기업-중견기업-대기업의 세액공제율이 각각 1·3·6%다. 반면 생산성향상시설 투자의 경우 1·3·7%, 신성장기술 사업화를 위한 시설투자의 경우 5·7·10%로 차이가 있다.

기획재정부는 "일례로 의약품 품질관리 개선시설에 속하는 관리시스템설비 중 일부는 생산성향상시설의 공급망 관리시스템설비와 구분이 모호할 수 있다"며 "신성장기술 사업화를 위한 시설 역시 공통분모를 가질 가능성이 높다"고 판단했다.

이를 토대로 기재부는 "생산성향상시설 투자 세액공제 제도 자체는 조건부 일몰의 연장을 건의한다"면서도 "제도의 실효성 제고를 위한 노력이 요구된다"고 정리했다.