약대6년제는 임상교육을 통해 무면허 의료행위를 본격적으로 시행하겠다는 선언에 불과하다는 비판이 제기됐다. 민주의사회는 27일자 뉴스레터에서 "현재도 약국은 국민의 편리를 핑계로 무면허의료행위가 자행되고 있는 '의료의 무풍지대'"라며 "약대6년제는 결국 임상 교육을 통해 무면허 의료행위를 본격적으로 시행하겠다는 선언에 불과하다"고 주장했다. 의사회는 이어 "약사들이 가지고 있는 의약분업 이전, 처방과 조제를 하던 시절에 대한 미련과 향수 그리고 그 때로 회귀하려는 그동안의 수많은 노력들을 볼 때, 6년제도 이런 노선 중의 하나일 뿐이라는 것은 너무나 분명한 일"이라고 덧붙였다. 단체는 특히 한의대학생들의 성명서를 인용, "대학을 졸업을 하고나서도 충분히 (대학원에서) 공부할 기회가 있는데도 굳이 4년제를 6년제로 바꾸겠다는 것은 이해할 수 없다"면서 "사실 약대의 대학원 진학률은 5% 정도로 매우 낮은 편에 속한다. 공부를 더하고 싶어한다면서 대학원에는 왜 안가는지 모르겠다"고 비꼬았다. 또 "(약사회는) 우리나라가 세계에서 유일하게 4년제로 남아있는 국가라고 주장하고 있지만, 의협이 최근 조사한 결과에 의하면 스위스, 영국, 독일, 호주, 뉴질랜드 등 대다수 국가의 약대학제는 현재 4년제"라면서 "6년제인 몇몇 나라들을 예로 들어 마치 세계 모든 약대가 6년제인 것처럼 주장하는 것은 억지일 뿐"이라고 비판했다. 특히 "약사회는 미국의 약대가 6년제이고, 우리나라도 하루빨리 6년제로 가지 않으면 안되는 것처럼 주장하고 있지만, 미국약학대학협의회 자료에 따르면 미국 89개 약대 중 70개 대학이 4년제고 6년제는 13개 대학에 불과하다"고 지적했다. 사회적 비용과 관련해서도 "향후 6년제 약사1,250명을 배출하기 위해 추가 부담되는 사회적 비용은 교육비 150억원, 기회비용 181.9억원, 사교육비 절감분 6.8억원 등을 포함해 325.1억원(복지부자료, 의협추계는 925억원)으로 늘어나게 된다"면서 "이는 모두 현재의 중학교 이하 학부모들이 부담해야 한다"고 지적했다. 이와 함께 "6년제를 추진함에 있어 의료계의 중지가 전혀 반영되지 않은 채 복지부는 약사회와 한의사협회의 대표만을 모아 서로 합의하는 선에서 약대 6년제라는 중요한 문제를 결정하려고 했다"면서 "백년지대계라는 교육문제를 이익집단의 힘에 휘둘려가며 마무리 짓는 것은 결국 국민을 기만하는 행정일 뿐"이라고 비난했다. 또 "한의계와의 약대 6년제 합의가 이루어지는 과정에서 한약학과가 배제됐고, 한약학과생들이 단식투쟁에 돌입하는 등 반발이 일고 있다"면서 "결국 약대 6년제는 명분없는 약사와 한의사만의 이익을 위한 것일 뿐"이라고 밝혔다. 단체는 따라서 "약대 6년제를 위해서는 교육목표, 교과목, 교육비, 추가되는 국민의료비, 직종간의 갈등요소 등을 의사, 한의사, 약사, 한약사, 학부모, 소비자 등과 공개적으로 논의해야 한다"면서 "국민들이 참여하고 관련된 각계 전문가들이 참가하는 공청회를 개최하자"고 제안했다.