감사원 "사무장병원 방치한 국세청…세금 576억 징수 못해"

• 국민건강보험공단 적발 자료 받고도 유죄 확정 확인과 과세 검토 소홀
• 부과제척기간 도과로 266억 원은 아예 징수 불가능

[데일리팜=강신국 기자] 국세청이 국민건강보험공단으로부터 받은 사무장병원 적발 자료를 제대로 활용하지 않아, 수백억 원에 달하는 부가가치세 징수 기회를 실기한 것으로 밝혀졌다.

27일 감사원이 발표한 '국세청 정기감사 보고서'에 따르면, 국세청은 지난 2020년부터 2024년까지 5년간 사무장 병원 등으로 의심되는 573건(기관 466개)의 과세자료를 국민건강보험공단으로부터 제출받았다.

대법원에 판례에 따라 의료보건용역은 부가가치세 면제 대상이지만 의료인이 아닌 사람이 개설·운영하는 사무장 병원은 부가가치세 면제 대상이 아니다. 따라서 이들 기관이 부당하게 면제받은 부가가치세는 국세청이 추징해야 하지만, 감사 결과 국세청의 세원 관리는 매우 부실했던 것으로 나타났다.

감사원이 해당 자료 중 471건을 점검한 결과, 의료법 위반으로 이미 유죄가 확정돼 과세가 가능한 359건(기관 169개)에 대해 국세청이 과세 여부를 검토하지 않은 것으로 확인됐다.

이로 인해 가산세를 포함 총 576억 6316만 원의 부가세가 제대로 징수되지 않았거나 누락될 우려가 있는 상황이다. 특히 이 중 246건(기관 105개)은 국세청이 방치하는 사이 부과제척기간(통상 7년)이 지나버려, 266억 6149만 원은 사실상 영구적으로 징수가 불가능해졌다.

국세청은 공단으로부터 자료를 수집한 뒤 차세대국세행정시스템(NTIS)에 입력만 해두었을 뿐, 이를 활용하기 위한 구체적인 지침을 지방국세청이나 세무서에 시달하지 않았다. 또한, 자료에 유죄 확정 여부가 표시되어 있지 않다는 이유로 보완 요청조차 하지 않은 채 자료를 사실상 '사장'시킨 것으로 드러났다.

감사 과정에서 국세청은 "재판 결과를 기다리는 과정에서 부과제척기간이 임박한 자료의 활용 방안을 마련하지 못했다"고 해명했다.

이에 감사원은 국세청장에게 사무장 병원 등 의료법 위반자에 대한 과세자료를 세원 관리에 철저히 활용할 것을 요구하며 '주의' 조치를 내렸다. 아울러 부당하게 부가가치세를 면제받은 위반자들에 대해 부과제척기간이 지나지 않은 사안을 중심으로 조속히 추징 방안을 마련하도록 '통보'했다.

국세청은 감사 결과에 대해 "업무 매뉴얼을 마련하고 부과제척기간 내에 과세자료가 처리될 수 있도록 관리 감독을 강화하겠다"는 의견을 제시했다.