조회만 믿다간 '낭패'…약국 카드수수료 비용 누락 주의보
- 김지은 기자
- 2026-06-10 11:57:35
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- 약사, 종소세 신고 준비 중 수수료 내역 뒤늦게 확인
- 카드사 분리 후 신규 가맹점 등록 여부 확인 필요
- 과거 BC카드서 분리된 우리·NH카드 쟁점
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[데일리팜=김지은 기자] 종합소득세 신고를 준비 중인 일부 약국이 카드수수료 비용처리 과정에서 수수료 내역이 누락될 가능성이 있다는 지적이 나왔다.
특히 과거 BC카드 계열에서 분리된 우리카드와 NH카드 등을 사용하는 약국의 경우 여신금융협회 통합조회 서비스에 신규 가맹점 정보가 등록되지 않았다면 관련 수수료 내역이 조회되지 않을 수 있어 주의가 요구된다.
지역에서 약국을 운영 중인 A약사는 최근 종합소득세 신고 자료를 준비하던 과정에서 예상치 못한 사실을 발견했다.
A약사는 20년 넘게 약국을 운영하면서 매년 각 카드사에 직접 연락해 세무신고용 카드수수료 실적 내역서를 받아 비용처리를 해왔다. 최근 배우자가 운영하는 약국의 카드 입금 내역을 비교하던 중 우리카드 정산 방식이 서로 다르다는 점을 확인했다.
A약사에 따르면 과거 우리카드는 BC카드와 합산 정산되는 구조였지만, 이후 일부 가맹점은 우리카드가 별도 정산되는 방식으로 전환됐다. 배우자 약국의 경우 우리카드 매출대금이 별도로 입금되고 있었지만, 본인 약국은 여전히 BC카드를 통해 일괄 정산되고 있었다.
이에 우리카드 측에 문의한 결과 우리카드 가맹점으로 별도 등록된 경우에는 우리카드 수수료 내역을 따로 관리해야 하며, 등록이 돼 있지 않은 경우 BC카드에서 일괄 처리된다는 설명을 들었다.
A약사는 "입금 내역을 비교해보지 않았다면 우리카드가 별도 정산되는 사실 자체를 몰랐을 것"이라며 "실제로 수수료 비용처리를 누락했을 가능성도 있었다"고 말했다.
문제는 다수 약국이 카드수수료 자료 조회를 여신금융협회 통합조회 서비스에 의존하고 있다는 점이다. 통상 약국들이 세무대리인에게 여신금융협회 아이디와 비밀번호를 제공하고 카드수수료 내역을 일괄 조회해 종합소득세 신고를 진행하고 있기 때문이다.

이런 상황에서 최근 여신금융협회 홈페이지에는 "회원가입 이후 카드사와 신규 가맹 계약을 맺은 경우 신규 가맹점 정보를 직접 등록해야 하며 등록 누락 시 해당 카드사의 매출거래정보가 조회되지 않을 수 있다"는 안내가 게시돼 있다.
즉, 과거 회원 가입 이후 우리카드나 NH카드 등 신규 가맹점 번호가 생성됐음에도 이를 수동 등록하지 않았다면 해당 카드사의 매출 및 수수료 정보가 조회되지 않을 가능성이 있는 셈이다.
A약사는 "우리 약구그이 경우 우리카드 금액이 천만원대에 달했다"며 "성실신고 대상 약국처럼 매출 규모가 큰 경우에는 누락 금액도 상당할 수 있다"고 말했다.
세무 전문가 역시 일부 약국에서 관련 비용 누락 가능성을 배제하기 어렵다고 설명했다.
세무 전문가는 "과거에는 카드수수료를 여신금융협회 자료를 통해 관리하는 경우가 많았지만 최근에는 총매출 대비 일정 비율을 적용해 경비 처리하는 사례도 늘고 있다"며 "소규모 약국은 영향이 크지 않을 수 있지만 성실신고 대상 약국처럼 카드 매출 규모가 큰 경우에는 카드사별 수수료 금액 차이가 상당할 수 있어 한 번쯤 점검해 볼 필요가 있다"고 말했다.
이어 "특히 카드사 분리나 VAN사 변경 등이 있었던 약국이라면 여신금융협회 통합조회 서비스에 신규 가맹점 정보가 정상 등록돼 있는지 확인하는 것이 바람직하다"고 조언했다.
한편 연매출 15억원 이상 성실신고확인 대상 사업자의 종합소득세 신고 기한은 이달 말까지다. 전문가들은 신고를 앞둔 약국이라면 여신금융협회 조회 내역과 실제 카드 입금 내역을 대조해 카드수수료 누락 여부를 점검해 볼 필요가 있다고 당부했다.
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